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政府組織改造，中醫藥委員會將降格為中醫藥司。新北市中醫師公會名譽理事長陳風城昨（二十八）強調，未來中醫的最高主管機關權力將萎縮掉，也就是權力完全被架空，很多事情沒辦法自己決定或發文給中醫藥界，呼籲馬英九政府正視民眾的醫療問題，也呼籲認同中醫的民眾把「藍綠擺兩邊，中醫生存放中間」！

新北市中醫師公會名譽理事長陳風城強調，不管明年大選是哪一個總統或立委候選人，只要支持、表態讓傳統中醫永續發展，願意讓中醫獨立成立一個署的候選人，拜託民眾投票給這位候選人，讓中醫藥署有獨立的權力、獨立的預算，而不是讓西醫統一管理，畢竟西醫跟中醫完全不同，不能用西醫的概念來管理中醫。

台灣中醫耳鼻喉科醫學會理事長宋和乾昨指出，雖然管理中醫的中醫藥司、管理西醫的醫事司都在部本部，然而，在組改後的衛生福利部裡，都是西醫或跟西醫有關的公務員，想當然爾，以後中醫要做的事情都會受到層層節制，目前唯有透過國際論壇來提升品質、優化學術系統，讓交流產生火花，讓政府能夠重視中醫，將中醫獨立成傳統醫藥署。

不過，行政院研究發展考核委員會副主委兼發言人宋餘俠表示，管理西醫的醫事司跟管理中醫的中醫藥司都在組織改造後的衛生福利部本部裡，主要的任務為處理政策業務，包括政策規劃、資源分配、監督管理等事項，現有運作機制的單位，權責會加重。

新竹縣中醫師公會名譽理事長暨全聯會顧問鄭阿乾醫師強調，雖然看起來中醫、西醫的行政機構相對等，但以前中醫藥委員會沒有決策權，也是聽從衛生署醫事處，也就是說，委員會由醫事處管理，都是在幫衛生署背書，所以中醫界都盼望能夠獨立自主，若中醫權益都沒有了，中醫患者也會擔心中醫被矮化、邊緣化，中醫沒權，以後要怎麼辦？民眾擔心會不會以後都要自費看中醫？